ΜΗΝΥΜΑ ΓΙΑ ΤΟΥΣ ΑΝΑΓΝΩΣΤΕΣ

ΚΑΛΩΣ ΗΡΘΑΤΕ ΣΤΟ ΜΕΛΙ ''ΛΗΘΑΙΟΝ'' . ΜΕΛΙΣΣΟΚΟΜΙΚΗ ΣΕΛΙΔΑ ΓΙΑ ΤΟΥΣ ΜΕΛΙΣΣΟΚΟΜΟΥΣ ΚΑΙ ΚΑΤΑΝΑΛΩΤΕΣ ΜΕ ΠΕΡΙΣΣΟΤΕΡΑ ΘΕΜΑΤΑ....ΣΤΕΙΛΤΕ ΤΑ ΒΙΝΤΕΟ - ΤΙΣ ΦΩΤΟΓΡΑΦΙΕΣ ΣΑΣ - ΤΙΣ ΑΓΓΕΛΙΕΣ ΣΑΣ ΣΤΟ --//-- meli.li8aion@hotmail.com τηλ.6936804606

Κυριακή, 25 Δεκεμβρίου 2016

ΠΡΟΣΟΧΗ !! (moku) ΝΕΟΣ ΙΟΣ ΑΠΕΙΛΕΙ ΤΙΣ ΜΕΛΙΣΣΕΣ.

Αποτέλεσμα εικόνας για bee virus  O ιός που ονομάζεται moku αποτελεί απειλή για τις αποικίες μελισσών. Ο ιός μεταδίδεται από τα είδη των σφηκών και μπορει να απειλήσει τις αποικιες των μελισσών σε όλο τον κόσμο.

Ο ιός μεταφέρεται από τη σφήκα δυτική κίτρινης ( Vespula pensylvanic α) και παρουσιάζει κίνδυνο για όλους τους τύπους των μελισσών.
Ο ιός έχει ονομαστεί moku, σχετίζεται με τo 
 νησί της Χαβάης όπου εντοπίστηκε για πρώτη φορά. 


Ο ιός αναγνωρίστηκε μέσω διαφόρων δοκιμών που πραγματοποιούνται σε διάφορα ερευνητικά κέντρα. Τα δεδομένα συγκεντρώθηκαν από τις πλατφόρμες & Ομάδα Αγωγοί στο Ινστιτούτο Earlham, με επικεφαλής τον Δρ Purnima Pachori. Η πιο σύνθετη άποψη εμπλέκονται prizing έξω το γενετικό υλικό και να διαχωριστεί το ιικό υλικό από εκείνο του οργανισμού ξενιστή. Αυτό βοήθησε με την εφαρμογή των τεχνικών αλληλουχίας του γονιδίου της επόμενης γενιάς.
Ο ιός είναι ένα μέλος της οικογένειας Iflavirus


Αυτή είναι μια οικογένεια ιών θετικού νοήματος RNA έντομα μολύνουν. Για την ανάλυση απομονώνει από πολλές διαφορετικές σφήκες μελετήθηκαν. Διαπιστώθηκε ότι η διακύμανση μεταξύ των στελεχών του moku μήκος των δειγμάτων που μελετήθηκαν σφήκα ήταν μικρή (μόνο μία διαφορά αλληλουχίας 98 τοις εκατό). Αυτό παρέχει μια πρόσθετη ένδειξη για την πιθανή μελλοντική εξάπλωση του ιού.
Σε ερευνητικό σημείωμα του , ο Δρ Purnima δηλώνει: «Είναι λαμπρή ότι υπολογιστικής βιολογίας εμπειρία μας στο ΕΙ θα μπορούσε να συμβάλει στον χαρακτηρισμό ενός νέου ιού, που μπορεί να αποτελέσει απειλή για την υγεία των επικονιαστών σε όλο τον κόσμο."

Η σημασία του ιού είναι ότι ενώ συχνότητες παραμένουν χαμηλά το δυναμικό για τον ιό να διαδοθεί είναι υψηλή, δεδομένου ότι μια σφήκα είναι το διάνυσμα. Τα μοτίβα μετάδοσης του ιού και οι επιπτώσεις απαιτούν περαιτέρω μελέτη.
Η έρευνα έχει δημοσιευθεί στο περιοδικό Scientific Reports . Η έρευνα με τίτλο «ιός moku? μια νέα Iflavirus βρέθηκαν σε σφήκες, μέλισσες και Varroa ».

Ολοκληρο το αρθρο που εχει δημοσιευτει στο

 



Περίληψη


Υπάρχει μια αυξανόμενη παγκόσμια τάση των αναδυόμενων λοιμωδών νόσων (ηλεκτρονικών ταυτοτήτων) που επηρεάζουν ένα ευρύ φάσμα ειδών, συμπεριλαμβανομένων των μελισσών. Η παγκόσμια επιδημία του ιού μονόκλωνου RNA Παραμορφωμένα πτέρυγα (DWV), οδηγείται από την εξάπλωση του Varroa destructor έχει τεκμηριωθεί καλά. Ωστόσο, DWV είναι μόνο ένα από τα πολλά έντομα RNA ιούς που μολύνουν ένα ευρύ φάσμα των δυνάμεων. Εδώ αναφέρουμε την πλήρη αλληλουχία του γονιδιώματος ενός νέουIflavirus ονομάζεται ιός moku (MV), που ανακαλύφθηκε το κοινωνικό σφήκαVespula pensylvanica συλλέγονται στη Χαβάη. Η νέα γονιδίωμα έχει μήκος 10.056 νουκλεοτίδια και κωδικοποιεί μία πολυπρωτεΐνη 3050 αμινοξέων.Φυλογενετική ανάλυση έδειξε ότι η MV είναι πιο στενά συνδεδεμένη με Slow ιός παράλυσης των μελισσών (SBPV), το οποίο είναι ιδιαίτερα έντονο στην μέλισσες, αλλά σπάνια ανιχνεύεται. Ανησυχητικό είναι το γεγονός, MV ακολουθίες ανιχνεύθηκαν επίσης σε μέλισσες και Varroa από την ίδια θέση, γεγονός που υποδηλώνει ότι MV μπορούν επίσης να μολύνουν άλλα υμενόπτερα και φιλοξενεί Ακάρεα.

Εισαγωγή


Αναδυόμενες και επανεμφανιζόμενες ασθένειες που προσβάλλουν ένα ευρύ φάσμα οργανισμών αποτελούν μια συνεχή απειλή για την παγκόσμια υγεία και την ασφάλεια των τροφίμων. Η μετάδοση της DWV σε όλο τον κόσμο, σε συνδυασμό με Varroa είναι ένα καλά μελετημένο παράδειγμα μιας αναδυόμενης παθογόνου εντόμου 1 , 2 . Η εξάπλωση της Varroa από την Ασία προς τον υπόλοιπο κόσμο ήταν αντικατοπτρίζεται από την εξάπλωση των DWV σε όλη την Ευρωπαϊκή πληθυσμούς των μελισσών 2 και εισήγαγε μια νέα διαδρομή μετάδοσης του ιού, με αποτέλεσμα την επιλογή ενός παθογόνου στελέχους, DWV τύπου Α, η οποία αναπαράγει σε υψηλά επίπεδα και έχει ως αποτέλεσμα την κατάρρευση των αποικιών 1 .

RNA ιούς, όπως ο ιός της παραμορφωμένης πτέρυγας, παρουσιάζουν ιδιαίτερο ενδιαφέρον λόγω της έλλειψης εξειδίκευσης του ξενιστή και την ικανότητα να πηδούν μεταξύ των κόμβων 3 , 4 , 5 , 6 . Για να ενεργοποιήσετε αυτήν γενικού στρατηγική μόλυνση με μικρή εξειδίκευση ξενιστή, Iflaviruses, όπως DWV, υπάρχουν ως ένα σύννεφο παραλλαγές γνωστών ως οιονεί 7 . Το επίπεδο ποικιλίας ή «μέγεθος σύννεφο», κατά έναν τύπο ιού έχει συσχετιστεί με το μέγεθος εύρος ξενιστών του ιού 8 . Πρόβλεψη εμφάνιση του ιού πριν από την επιδημική εξάπλωση επιτρέπει την άμβλυνση δράση για να ληφθεί υπόψη, αλλά δεν είναι πάντα εφικτό. Κατά γενικό κανόνα, όσο μεγαλύτερο είναι το μέγεθος του πληθυσμού των ειδών της δεξαμενής, οι περισσότεροι ιοί που μπορούν λιμάνι, και κατά συνέπεια οι ιοί με υψηλότερη μολυσματικότητα προκύπτουν συχνότερα9 . Τα μεγάλα μεγέθη πληθυσμού και υψηλές πυκνότητες πολλών πληθυσμών των εντόμων παρέχουν ένα ιδανικό περιβάλλον για τις αναδυόμενες ιούς να προκύψουν και να μεταδίδουν ελεύθερα. Κοινωνικά έντομα αποτελούν την επιτομή αυτό, που αποτελούν μόλις το 2% όλων των ειδών εντόμων, αλλά περισσότερο από το ήμισυ του συνόλου των εντόμων βιομάζας 10 . Μετάδοσης μεταξύ οικοδεσπότες διευκολύνεται από τις αλληλεπιδράσεις μεταξύ των ειδών εντόμων, συμπεριλαμβανομένων θήρευση και την κοινή χρήση των πόρων 3 .

Καθίσταται προφανές ότι τα έντομα τα οποία αλληλεπιδρούν με τις μέλισσες το μέλι μπορεί να δράσει ως ιογενή δεξαμενές και να μολύνει μέλισσες μέσω εκδηλώσεων διάχυσης 3 , 11 , 12 . Επιπλέον, η εισαγωγή των χωροκατακτητικών ειδών μέσα από ανθρωπογενείς διεργασίες προσφέρει την ευκαιρία για νέους ξενιστές, με τη δική τους συλλογή από viromes, να εισαχθούν στο παρελθόν απομονωμένους πληθυσμούς, όπως αυτές της Χαβάης αρχιπέλαγος.

Η ληστρική κοινωνική σφήκα, Vespula pensylvanica είναι ένα κοινό είδος εγγενή στο δυτικό μισό της εύκρατο Βόρειας Αμερικής. Στο αρχιπέλαγος της Χαβάης, για πρώτη φορά καταγράφεται στο Kauai το 1919, αλλά δεν καταγράφηκε στο Maui και το μεγάλο νησί μέχρι το 1978 13 και από τότε έχει ακμάσει να γίνει ένα σοβαρό παράσιτο. V. pensylvanica είναι ένα γενικό αρπακτικό που τρέφεται με ένα ευρύ φάσμα των αρθροπόδων, συμπεριλαμβανομένων των μελισσών, Apis mellifera 13 . Το οικολογικό ρόλο V. pensylvanica ως ένα χωροκατακτητικά είδη με ευρεία γεωγραφική κατανομή, άφθονη αριθμοί σε ορισμένες περιοχές και γενικού προτιμήσεις διατροφή, συμπεριλαμβανομένης της χρήσης του floral πόρους 14 , καθιστούν σημαντικό να ερευνηθεί κατά πόσον ή όχι θα μπορούσε να λειτουργήσει ως δεξαμενή για ένα νέο ή αναδυόμενες ιό μέλισσα το μέλι.

Εδώ αναφέρουμε μία νέα ιός RNA, γενετικά ανόμοια με οποιαδήποτε άλλη ιού σε επίπεδο νουκλεοτιδίων, ανιχνεύθηκε σε V. pensylvanica . Ονομάσαμε το νέο ιό "moku», που σημαίνει νησί της Χαβάης.

Αποτελέσματα & Συζήτηση


Μια blastx αναζήτησης κατά την βάση δεδομένων πρωτεϊνών NCBI αποκάλυψε η πολυπρωτεΐνη του MV μοιράζονται 46% ομοιότητα αμινοξέων με την επιβράδυνση του ιού μέλισσα παράλυση (SBPV) και φυλογενετική ανάλυση επιβεβαίωσε ότι ο ιός moku (MV) βρίσκεται εντός του γένους Iflavirus ( Εικ. 1 ).Το γονιδίωμα είναι 10.056 νουκλεοτίδια (αριθμός πρόσβασης KU645789) με μια πολυ-Α ουρά στο 3 'άκρο και την πλήρη κάλυψη του γονιδιώματος παρατηρήθηκε σε όλα τα δείγματα 8 σφήκα ( Σχ. 2Α ). Το γονιδίωμα περιέχει 9153 νουκλεοτιδίων ανοικτό ανάγνωσης κωδικοποίηση του πλαισίου για 3.050 αμινοξέα ( Εικ. 2Β ). Επιπλέον, η μερική κάλυψη του γονιδιώματος σε επίπεδο παρατηρήθηκε σε Α mellifera και Varroa destructor συλλέγονται στο Big Island ( Εικ. 2Α και συμπληρωματική Εικόνα. S1 ).
Σχήμα 1: Neighbour ενώνει δέντρο χρησιμοποιώντας τις αλληλουχίες αμινοξέων ενός διατηρημένη περιοχή του RdRp 29 .



Οι τιμές δείχνουν την υποστήριξη συναινετική (%).
Εικόνα σε πλήρες μέγεθος
Σχήμα 2



( Μια κάλυψη γονιδιώματος του ιού) moku από Illumina Hi-επόμενα στοιχεία για τα δείγματα που συλλέγονται στη Χαβάη. V. pensylvanica εμφανίζονται σε μαύρο, Varroa σε κόκκινο και το μέλι των μελισσών σε κίτρινο. Τρεις διαφορετικές μελισσών Illumina τρέχει συνενώθηκαν για τα δεδομένα της μέλισσας. ( Β ) Οργάνωση των 10.056 νουκλεοτιδίων γονιδιώματος του ιού moku (μαύρη γραμμή) που κωδικοποιεί μια πολυπρωτεΐνη 3050-α (πορτοκαλί κουτί) και την προβλεπόμενη περιοχές κωδικοποίησης πολυπρωτεΐνη εμφανίζονται με μπλε χρώμα.
Εικόνα σε πλήρες μέγεθος

Περαιτέρω γονιδίωμα σχολιασμό πραγματοποιήθηκε με σύγκριση των θέσεων της πρωτεάσης 3C με την προηγουμένως σχολιασμένο SBPV και DWV γονιδιώματα15 , 16 . Η πολυπρωτεΐνη 3050-AA που περιλαμβάνονται συντηρημένες περιοχές τυπικό των iflaviruses, συμπεριλαμβανομένων καψιδίου (cd00205, pfam08762, pfam00073), ελικάση (pfam00910), εξαρτώμενη RNA πολυμεράση RNA (Pfam 00680) και πρωτεάσης 3C (pfam00548) περιοχές (Εικ. 2Β ). Αυτά ήταν τοποθετημένα στην κανονική Iflavirus δομή του γονιδιώματος? δομικές πρωτεΐνες στην Ν-τερματική περιοχή και μη δομικές πρωτεΐνες στην C-τερματική περιοχή (RNA ελικάση, πρωτεάση, RdRp) ( Σχ. 2Β ).Δεν συντηρημένη περιοχή αναγνωρίστηκε για την πρωτεΐνη ηγέτη, το πιο μεταβλητή περιοχή του Iflavirus γονιδιώματος 15 . Συνελεύσεις του MV από κάθε σφήκα χρησιμοποιώντας Vicuna 17 έδειξαν ότι όλα τα δείγματα σφήκα μοιράζονται τουλάχιστον 98% ταυτότητα νουκλεοτιδίων που υποδηλώνει ότι MV είναι σχετικά αμετάβλητες, τουλάχιστον στις σφήκες δείγμα. Ωστόσο, μεγαλύτερη διακύμανση σημειώθηκε μεταξύ των ειδών. Για παράδειγμα, όταν οι RdRp, ελικάση και VP3 συναίνεση περιοχές του γονιδιώματος MV από τις μέλισσες και Varroa ευθυγραμμίστηκαν κατά το γονιδίωμα σφήκα MV, παρατηρήσαμε περίπου 2 υποκαταστάσεις νουκλεοτιδίων ανά 100 ζεύγη βάσεων νουκλεοτιδίων για την περιοχή RdRp τόσο για τις μέλισσες και η Varroa ( Συμπληρωματική εικ. S1A ), και Varroa μία από αυτές τις υποκαταστάσεις ως αποτέλεσμα μια αλλαγή αμινοξέος. Ιστορικό γονιδιωματική παραλλαγή (πιθανόν να οφείλεται σε μεταλλάξεις που δημιουργούνται κατά την αντιγραφή του γονιδιώματος) μπορεί επίσης να εξεταστεί υπό το διαβάζει ότι αντιπροσωπεύει τη μέλισσα και οιονεί Varroa MV ( Συμπληρωματικές Εικ. S2 ). Αυτή η ομάδα των ιών υπάρχει ως ένα σύννεφο παραλλαγές 7 , ως εκ τούτου, contigs που παράγεται από de novo συναρμολόγηση αντιπροσωπεύουν μια συναίνεση από τα πιο κυρίαρχη ακολουθία. Αν και συναινετικές αλληλουχίες του MV ήταν παρόμοια και ανήκουν στην ίδια κύρια παραλλαγή, ένα σύννεφο μεταλλάξεων γύρω από τον κύριο συναίνεση μπορεί να φανεί στο άτομο διαβάζει ( Συμπληρωματική εικ. S2 ).

Από τη στιγμή που δεν ήταν σε θέση να συγκεντρώσει ένα γονιδίωμα MV πλήρους μήκους τόσο από τη μέλισσα και τα δείγματα Varroa, κατά ζεύγη συγκρίσεις μεταξύ των γονιδιωμάτων δεν ήταν δυνατή. Στο σύνολό τους, γονιδιωματική παραλλαγές της MV παρατηρήθηκαν τόσο η μέλισσα το μέλι και τα δείγματα Varroa. Οι ταυτότητες αμινοξέων μεταξύ MV παραλλαγές εξαιρετικά διατηρημένη ( Συμπληρωματικό Σχ. S1 ), ως εκ τούτου, αυτές οι παραλλαγές ανήκουν στην ίδια κύρια παραλλαγή MV. MV είναι πιθανό παρόμοια με DWV 7 , δηλαδή υπάρχει ως οιονεί με διακύμανση γύρω από μία ή περισσότερες μάστερ παραλλαγή (ες). Περαιτέρω έλεγχο και την αλληλουχία των MV σε διάφορους ξενιστές και γεωγραφικές τοποθεσίες είναι πιθανό να αποκαλύψει περαιτέρω γενετική παραλλαγή στο πλαίσιο των οιονεί ιό.

Εξελίξεις στον τομέα των τεχνολογιών NGS επέτρεψαν μια εκθετική αύξηση στην ανακάλυψη του ιού RNA 18 ακόμα έχουν μόνο λίγες νέοι ιοί μελισσών έχουν ανακαλυφθεί από την πρωτοποριακή εργασία του Bailey & Ball 19 . Πρόσφατες ανακαλύψεις περιλαμβάνουν έναν ιό Ωχράς-όπως και σε μέλισσες και Varroa 20και την αντιγραφή ενός ιού φυτού (δακτυλιωτής κηλίδωσης του ιού του καπνού) σε μέλισσες 21 . Τεχνολογίες NGS έχουν δείξει ότι το ιικό φορτίο σε έντομα μπορεί να είναι υψηλό? για παράδειγμα, έχουμε δείξει στο παρελθόν ότι DWV διαβάζει έκανε μέχρι 46,3% του συνόλου Illumina διαβάζει το βαρρόα και 9,7% σε μέλισσες 22 . Ομοίως, εδώ δείχνουμε ότι στο V. pensylvanica , ο ιός διαβάζει μπορεί να κάνει μέχρι και 91,5% του συνόλου των Illumina διαβάζει (μέσος όρος 54,6%) ( Εικ. 3Α ). Λόγω της οιονεί φύση των iflaviruses 7 , ιός moku ονομάστηκε μετά τη θέση της ανακάλυψής της και όχι των συμπτωμάτων του ξενιστή ή ασθένεια (εκ των οποίων δεν υπάρχει συγκεκριμένο φαινότυπο καταγράφεται μέχρι σήμερα). Είναι πιθανό ότι MV είναι ικανός να αντιγράφει σε αρκετές φιλοξενεί, ενδεχομένως με διάφορες παραλλαγές κύριος καθένα από τα οποία διαφέρει σε παθογένεια ανάλογα με τον ξενιστή. Ωστόσο, το υψηλό ιικό φορτίο (έως 99,87% του συνόλου του ιού διαβάζει σφήκες, Σχ. 3Β, C ) και πλήρη κάλυψη γονιδιώματος ( Σχ. 2Α ) που παρατηρήθηκαν για MV σε V. pensylvanicaδείχνει ότι είναι πιθανό να είναι η μητρική ξενιστή της MV. Χρήση του "moku» ως όνομα επίσης σύμφωνα με την Διεθνή Επιτροπή για την Ταξινόμηση των ιών (ICTV) προτίμηση να μην χρησιμοποιούν υποδοχής ονόματα ειδών για να εκχωρήσετε τα είδη του ιού 23 . Πολλά έντομα RNA ιοί ανακαλύφθηκαν από τα στοιχεία NGS 18 δεν συνεπάγεται την εκδήλωση των συμπτωμάτων, την πρόληψη της χρήσης των συμπτωμάτων της νόσου για την ταξινόμηση του ιού.
Σχήμα 3



( Α ) Ποσοστό του συνολικού Illumina Hi-Seq διαβάζει τα οποία αποδόθηκαν στους ιούς από BLAST επισημαίνονται με το συνολικό αριθμό των Illumina διαβάζει μετά QC. ( Β ) Illumina Hi-Seq Virome για κάθε δείγμα (W =  V. pensylvanica , V = Varroa, HB = μελισσών) που δείχνει τον αριθμό των κορυφαίων BLAST χτυπά σε μια βάση δεδομένων έθιμο του ιού. Σημειώστε μια λογαριθμική κλίμακα έχει χρησιμοποιηθεί για να εμφανίσετε τις τεράστιες διαφορές μεταξύ των ιών. Διαγράμματα C) πίτας που δείχνει δείγματα ομαδοποιούνται ανά είδος που δείχνει το ποσοστό των ιογενών επιτυχίες καθορίζεται από BLAST.
Εικόνα σε πλήρες μέγεθος

Ιός moku είναι πιο στενά συνδεδεμένη με SBPV ( Εικ. 1 ). SBPV είναι ιδιαίτερα έντονο στην μέλισσες, αλλά έχει βρεθεί μόνο στο Ηνωμένο Βασίλειο, Φίτζι και η Δυτική Σαμόα, παρά τις πολυάριθμες έρευνες σε όλο τον κόσμο 16 . Πιο πρόσφατα στοιχεία δείχνουν ότι το φυσικό ξενιστή SBPV είναι η αγριομελισσών ( Bombusspp.), Αντί των μελισσών 24 . Ομοίως, οι σφήκες θα μπορούσε να δράσει ως δεξαμενή για τον ιό moku, το οποίο κυκλοφορεί συνήθως στον ξενιστή vespine, αλλά με τη δυνατότητα να είναι ιδιαίτερα έντονο στην μέλισσες, όπως και με SBPV. Αυτό είναι αντάξια της τακτικής παρακολούθησης, όπως τα χωροκατακτητικά είδη, όπως η Β pensylvanica στη Χαβάη και Vespa velutina(ασιατική hornet) στην Ευρώπη θα μπορούσε να λειτουργήσει ως μια νέα διαδρομή μεταφοράς και πηγή νεοεμφανιζόμενους ιούς στις μέλισσες το μέλι.

Ανίχνευση του MV σε Varroa είναι ανησυχητική, καθώς Varroa είναι γνωστό για να διευκολυνθεί η διάδοση και ενίσχυση ορισμένων ιών RNA 1 . Τα δεδομένα μας δείχνουν μια πιθανή οδός μετάδοσης της MV από Vespula pensylvanica για τις μέλισσες το μέλι (ή το αντίστροφο, όπως V. pensylvanica είναι γνωστό ότι είναι προγενέστερα στις μέλισσες) και, στη συνέχεια, σε Varroa. Μόλις στο Varroa, μετάδοση σε διαστάσεις επιδημίας εντός των πληθυσμών μελισσών είναι μια πιθανή έκβαση 1 . Ωστόσο, DWV εξακολουθεί να κυριαρχεί η virome των μελισσών μόνο με τα χαμηλά επίπεδα της MV ανιχνεύονται. Αυτό υποδηλώνει ότι επί του παρόντος, μέλισσες και Varroa δεν είναι η πιθανή προέλευση της MV, ωστόσο, αρνητικά σκέλος RT-PCR δοκιμές 4 πρέπει τώρα να χρησιμοποιηθεί για να αποκαλύψει την αποτελεσματικότητα αντιγραφή του MV σε διάφορους ξενιστές και τύπους ιστών. Καθώς και καιροφυλακτούν για αρθρόποδα, V. pensylvanica συμπληρώνει τη διατροφή του με τρέφονται με νέκταρ λουλουδιών14 , έναν κοινόχρηστο πόρο, ο οποίος θα μπορούσε να είναι μια πιθανή οδός μετάδοσης της MV από σφήκα στο μέλι των μελισσών. Ωστόσο, ο μηχανισμός μετάδοσης είναι ακόμα να καθοριστεί? περαιτέρω έλεγχο για MV απαιτείται για να προσδιοριστεί το πλήρες φάσμα των ξενιστών και μάλιστα, την επιδημιολογία του ιού.

Η κυριαρχία του DWV πληκτρολογήσετε έναν κύριο-παραλλαγή σε μέλισσες και Varroa είναι το αποτέλεσμα της άφιξης του Varroa στο Big Island, η οποία διευκόλυνε την εξάπλωση αυτής της παραλλαγής 1 . Διαβάζει εντοπιστεί ο ιός moku, τύπου DWV ιό Γ Sacbrood και μαύρος ιός κυττάρων βασίλισσας ήταν παρόντες μόνο σε χαμηλά επίπεδα σε σύγκριση με τον υψηλό αριθμό τύπου DWV Α διαβάζει, και σε μικρότερο βαθμό, τύπου DWV Β διαβάζει ( Εικ. 3 ). Μόνο ένας πολύ μικρός αριθμός διαβάζει (0-200 εύρος) αποδόθηκαν σε DWV τύπου C 7 .

Μια πρόσφατη μελέτη έδειξε in vitro ότι DWV μπορεί να προκαλέσει πρόωρο θάνατο των μελισσών ενηλίκων μέλι 25 . Η μέλισσα φιλοξενεί ένα θανατηφόρο κοκτέιλ των ιών RNA, το οποίο εξαρτάται από την περίσταση (περιβαλλοντικές συνθήκες, σε ανθρωπογενείς παράγοντες άγχους ή την εισαγωγή ενός νέου φορέα) μπορεί να οδηγήσει σε πιο σοβαρές των αποτελεσμάτων. Επιπλέον, τα έντομα που βρίσκονται συχνά συνδέεται με μέλισσες φέρουν επίσης ιδιαίτερα λοιμογόνο RNA ιών. Αυτό είναι εμφανές από την παρουσία των ισραηλινών ιός οξείας παράλυσης (IAPV) σε V. pensylvanica ( Εικ. 3 ). Σε ένα δείγμα σφήκα, IAPV διαβάζει αποτελούν το 1,7% του συνόλου του ιού διαβάζει ακολουθία? παρά καμία IAPV διαβάζει να ανιχνεύονται στα δείγματα μελισσών από την ίδια θέση, την ίδια ημέρα. Αυτό υποδηλώνει ότι IAPV είναι αντιγραφή στον ξενιστή vespine. RNA ιοί «μελισσών» είναι γενικών καθηκόντων, ικανοί να μολύνουν μία ποικιλία ξενιστών εντόμων 3 , 4 και αυτοί μπορεί να μεταδοθεί εύκολα μεταξύ των εντόμων Υμενόπτερα όπως μέλισσες και σφήκες τώρα.

Η παθογένεια του ιού moku σε σφήκες και μέλισσες παραμένει άγνωστη. Το υψηλό ιικό φορτίο των MV στις σφήκες δείχνει ότι V. pensylvanica είναι φυσικό ξενιστή του. Είναι ενδιαφέρον ότι, δύο από τα δείγματα σφήκα (W_S28 και W_S30) περιείχαν αρκετές τάξεις μεγέθους μικρότερη από ό, τι MV διαβάζει τα άλλα δείγματα σφήκα ( Σχ. 3 ). Αυτά τα δύο δείγματα αντί να κυριαρχούνται από DWV (τύπου Α & Β), γεγονός που υποδηλώνει ότι υπάρχει πιθανή ανταγωνιστική αλληλεπίδραση μεταξύ MV και DWV, εύλογα για τις περιοχές της αντιγραφής. Ως εκ τούτου, είναι πιθανό ότι οι σχετικά υψηλές ιικό φορτίο του DWV σε μέλισσες και Varroa αποκλείουν αποτελεσματικά τον ιό moku από την αναπαραγωγή σε υψηλότερα επίπεδα. Ανταγωνιστική αποκλεισμός έχει προηγουμένως προταθεί μεταξύ iflaviruses όπου μια επίμονη λοίμωξη DWV in vitro προτάθηκε για τον περιορισμό της αντιγραφής του συνδεδεμένου ιού 26 , καθώς και in vivo , όπου μία παραλλαγή της DWV εμπόδισε υπερμόλυνση από ένα άλλο 22 . Η ανίχνευση του ιού moku στο σφήκες, Varroa και μέλισσες δείχνει ότι η μετάδοση πολλαπλής είδη ιών RNA είναι μια απειλή για την υγεία επικονιαστών σε όλο τον κόσμο. Αυτό υποστηρίζεται περαιτέρω από την πρόσφατη ανακάλυψη ενός αντιγραφόμενο ιό φυτό σε μέλισσες, αποδεικνύοντας το εύρος ξενιστών του RNA ιοί μπορούν ακόμα σταυρό βασίλεια 21 .

μέθοδοι


Το RNA που εξάγεται από οκτώ ασυμπτωματικά V. pensylvanica άτομα που συλλέγονται από διαχειρίζεται τα μελίσσια της μέλισσας στο Big Island, Χαβάη το 2012. Οι μέλισσες ελήφθησαν δείγματα από τα πλαίσια μέσα στην κυψέλη, έτσι πιθανότατα θα είναι ως επί το πλείστον οι νοσοκόμες με κάποιες ζωοτροφών και πρόσφατα εμφανίστηκε μέλισσες. Δείγματα W_S23-27 και HB_S11-12 συλλέχθηκαν από τη Βόρεια Big Island, και τα δείγματα HB_S13, V_S32 και W_S28-30 ήταν από την Ανατολή. 30 μέλισσες συγκεντρώθηκαν για την εξαγωγή RNA. Τα δείγματα Varroa ήταν μια πισίνα 10 ακάρεα που λαμβάνονται από drone γόνου. βιβλιοθήκες cDNA παρασκευάσθηκαν χρησιμοποιώντας ολίγο dT πριμοδότηση που ακολουθείται από Illumina 2 χ 100 αλληλούχιση bp Hiseq.

QC έγινε χρησιμοποιώντας FastQC (http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/ ) για να επιβεβαιώσετε την ποιότητα των δεδομένων πρώτων ανάγνωσης. Μια in-house αγωγού μόλυνση-διαλογής που ονομάζεται Kontaminant (http://www.tgac.ac.uk/kontaminant/ ) χρησιμοποιήθηκε για να ελέγξει για τυχόν μόλυνση στις πρώτες διαβάζει. Οι βιβλιοθήκες σφήκα έδειξαν λιγότερο από 5% του mRNA ξενιστή. Ακόμη και με πολύ χαμηλή μόλυνση ξενιστή, kmer φιλτράρισμα διεξήχθη για να απομακρυνθεί οποιοδήποτε RNA ξενιστή. Δεν υπήρχε ιογενή χαρτογράφηση / φιλτράρισμα γίνεται, έτσι ώστε να πραγματοποιείται μια μεταγονιδιωματική έρευνα για να συγκεντρώσει όλα τα RNA μη-ξενιστή.

Από ένα σύνολο 8 σφήκα άτομα, περίπου 116 εκατομμύρια διαβάζει (115, 842, 147 συνολικές διαβάζει πριν από τη διήθηση) συγκεντρώθηκαν σε ένα ενιαίο τρέξιμο συναρμολόγηση χρησιμοποιώντας MetaCortex (Ανέκδοτα, που αναπτύχθηκε από τον Richard Leggett στο TGAC). MetaCortex είναι ένα πρόσφατα αναπτύχθηκε παραλλαγή του Cortex 27 , 28 με βάση τα γραφήματα de Bruijn, τα οποία είναι κατασκευασμένα με τη διαίρεση διαβάζει σε μικρότερα, επικαλυπτόμενες αλληλουχίες ονομάζονται kmers. Contigs ευθυγραμμίστηκαν (blastx) έναντι μιας βάσης δεδομένων πρωτεΐνης REFSEQ (NCBI) για τον εντοπισμό υποθετικών ιούς.

Ένα contig ιδίως μεταφράστηκε εντός Geneious (Biomatters) και ευθυγραμμίζονται με τα άλλα Iflavirus αλληλουχίες αμινοξέων που λαμβάνονται από την Genbank. Η ευθυγράμμιση έγινε με τη χρήση του aligner Μυϊκή με 8 επαναλήψεις. Το φυλογενετικό δέντρο χτίστηκε από τον οικοδόμο δέντρο Geneious χρησιμοποιώντας μια μέθοδο που ενώνει γείτονα και το μοντέλο γενετική απόσταση Jukes-Cantor με βάση την συντηρημένη περιοχή RdRp του picorna-όπως οι ιοί 29 . Τέλος, Geneious χρησιμοποιήθηκε για χάρτη διαβάζει κατά του υποτιθέμενου contig ιού και Vicuna 17 χρησιμοποιήθηκε για να συγκεντρώσει διαβάζει από το κάθε άτομο ξεχωριστά, χρησιμοποιώντας έναν αγωγό προσαρμοσμένο από τη συναρμολόγηση DWV 7 .

Ατομική διαβάζει ευθυγραμμίστηκαν κατά της Νέας γονιδιώματος του ιού moku να δημιουργήσουν οικόπεδα κάλυψη για κάθε δείγμα Illumina ( Εικ. 2Α ). Από αυτά διαβάζει συναίνεση της περιοχής RdRp λήφθηκε για MV σε Varroa και μέλισσες διατηρώντας βάσεις που αντιστοιχούν τουλάχιστον το 90% των αλληλουχιών. Το γονιδίωμα του ιού moku ήταν σχολιασμένη βασίζεται σε μια ευθυγράμμιση αμινοξέων με την SBPV και DWV γονιδιώματα 15 , 16 . Περιφέρειες που προσδιορίζονται από τα sites της πρωτεάσης με βάση τα γονιδιώματα DWV και SBPV και ομόλογες περιοχές της πρωτεΐνης που προσδιορίζονται από BLAST. Διαβάζει από Varroa και οι μέλισσες είχαν τραβηχτεί έξω και να γίνει σε μια συναίνεση και ευθυγραμμισμένη με το γονιδίωμα MV από τις σφήκες για να επιβεβαιωθεί ότι ήταν πράγματι MV ( Συμπληρωματική σχήματα S1 και S2 ).

Οι viromes εντόμων ( Σχ. 3Β ) δημιουργήθηκαν ευθυγραμμίζοντας επιμέρους Illumina διαβάζει χρησιμοποιώντας BLAST έναντι μιας βάσης δεδομένων έθιμο ιός που περιελάμβανε το γονιδίωμα moku, ιό Αργή μέλισσα παράλυση, και τις τρεις παραλλαγές της DWV 7 . Οι κορυφαίες επιτυχίες μετρήθηκαν για κάθε είδους ιού. BLAST επιτυχίες των επιμέρους αναφέρει ότι δεν καλύπτουν όλο το διαβάσετε εξαιρέθηκαν από την ανάλυση.

Επιπλέον πληροφορίες


Πώς να αναφέρετε αυτό το άρθρο : Μαροδοχαίον, GJ et al . Ιός moku? μια νέαIflavirus βρέθηκαν σε σφήκες, μέλισσες και Varroa. Sci. Δημ. 6 , 34983? doi: 10.1038 / srep34983 (2016).

αναφορές

1.

Martin, SJ et al. Παγκόσμια Honey Bee Viral Τοπίο τροποποιηθεί από παρασιτικό άκαρι . Science 336 , 1304-1306 (2012).
+ Εμφάνιση πλαίσιο

CAS
PubMed
Αρθρο
2.

Wilfert, L. et al. Παραμορφωμένα ιός πτέρυγα είναι μια πρόσφατη παγκόσμια επιδημία στις μέλισσες οδηγείται από βαρρόα . Science 351 , 594-597 (2016).
+ Εμφάνιση πλαίσιο

CAS
PubMed
Αρθρο
3.

Singh, R. et al. RNA ιοί στα υμενόπτερα Επικονιαστές: Αποδεικτικά στοιχεία της Inter-Taxa Virus Μετάδοση μέσω της γύρης και των πιθανών επιπτώσεων για τη μη Apis υμενόπτερα ειδών . PLoS One 5 , e14357 (2010).
+ Εμφάνιση πλαίσιο

CAS
PubMed
Αρθρο
4.

Manley, R. , μπότες, Μ & Wilfert, Λ ΑΝΑΣΚΟΠΗΣΗ: Οι αναδυόμενες κίνδυνο ιογενούς νόσου σε έντομα επικονιαστές: οικολογική, την εξελικτική και ανθρωπογενείς παράγοντες . J. ΑρρΙ. Ecol. 52 , 331-340 (2015).
+ Εμφάνιση πλαίσιο

CAS
PubMed
Αρθρο
5.

Moya, Α , Holmes, ΕΚ & González-cd, F. Η γενετική του πληθυσμού και εξελικτική επιδημιολογία των ιών RNA . Nat. Rev. Micro. 2 , 279-288 (2004).
+ Εμφάνιση πλαίσιο

CAS
Αρθρο
6.

Levitt, AL et al. Μετάδοση Cross-είδη ιών μελισσών σε συνδεδεμένες αρθρόποδα . Virus Res. 176 , 232-240 (2013).
+ Εμφάνιση πλαίσιο

CAS
PubMed
Αρθρο
7.

Μαροδοχαίον, GJ , Wilfert, L. , Martin, SJ , Jones, IM & Schroeder, DC Διαφορετικότητα σε ένα παθογόνο μελισσών: πρώτη έκθεση ενός τρίτου πλοιάρχου παραλλαγή των οιονεί Virus Παραμορφωμένα Πτέρυγα .ISME J 10 , 1264-1273 (2016).
+ Εμφάνιση πλαίσιο

CAS
PubMed
Αρθρο
8.

Schneider, WL & Roossinck, MJ Γενετική ποικιλομορφία σε οιονεί ιός RNA ελέγχεται από αλληλεπιδράσεις ξενιστή-virus . J. Virol. 75 , 6566-6571 (2001).
+ Εμφάνιση πλαίσιο

CAS
PubMed
Αρθρο
9.

Calisher, CH , Childs, JE , πεδίο, HE , Holmes, KV & Schountz, Τνυχτερίδες: Σημαντικές οικοδεσπότες Δεξαμενή νεοεμφανιζόμενους ιούς .Clin. Microbiol. Rev. 19 , 531-545 (2006).
+ Εμφάνιση πλαίσιο

ΕΙΝΑΙ ΕΓΩ
PubMed
Αρθρο
10.

Wilson, ΕΟ επιτυχία και την κυριαρχία στα οικοσυστήματα: η περίπτωση των κοινωνικών εντόμων. Αριστεία στην Οικολογία 2 (Οικολογία Ινστιτούτο, 1990).
+ Εμφάνιση πλαίσιο
11.

Villalobos, EM Το άκαρι που πήδηξε, η μέλισσα που ταξίδεψε, την ασθένεια που ακολούθησε . Science 351 , 554 - 556 (2016).
+ Εμφάνιση πλαίσιο

CAS
PubMed
Αρθρο
12.

Σρέντερ, DC & Martin, SJ Παραμορφωμένα ιό πτέρυγα: Ο κύριος ύποπτος στην ανεξήγητους θανάτους μελισσών σε όλο τον κόσμο . Λοιμογόνου δύναμης 3 , 589-591 (2012).
+ Εμφάνιση πλαίσιο

PubMed
Αρθρο
13.

Gambino, Π κίτρινης (Vespula pensylvanica) θήρευση στα ηφαίστεια της Χαβάης και Εθνικά Πάρκα Haleakala: ταυτότητα των ειδών αρπακτικών . Proc. Χαβάη. Entomol. Soc. 31 , 157-164 (1992).
+ Εμφάνιση πλαίσιο
14.

Hanna, Γ , Foote, Δ & Kremen, Γ διαχείριση χωροκατακτητικά είδη αποκαθιστά μια αλληλοβοήθεια φυτό-επικονιαστών στη Χαβάη . J. ΑρρΙ.Ecol. 50 , 147-155 (2013).
+ Εμφάνιση πλαίσιο

Αρθρο
15.

Lanzi, G. et al. Μοριακός και βιολογικός χαρακτηρισμός των παραμορφωμένων Πτέρυγα του ιού των μελισσών (Apis mellifera L.) . J. Virol. 80 , 4998000000-5.009000000 εκατομμύρια (2006).
+ Εμφάνιση πλαίσιο

CAS
PubMed
Αρθρο
16.

de Miranda, JR et al. Γενετικός χαρακτηρισμός της αργής ιού μελισσών παράλυση της μέλισσας (Apis mellifera L.) . J. Gen. Virol. 91 , 2524-2530 (2010).
+ Εμφάνιση πλαίσιο

CAS
PubMed
Αρθρο
17.

Yang, Χ et al. Συναρμολόγηση novo de άκρως διαφορετικές ιογενείς πληθυσμούς . BMC Genomics 13 , 475 (2012).
+ Εμφάνιση πλαίσιο

CAS
PubMed
Αρθρο
18.

Liu, S. , Chen, Υ & Bonning, BC ανακάλυψη του ιού RNA στα έντομα .Curr. Ορίη. Εντομο. Sci. 8 , 54-61 (2015).
+ Εμφάνιση πλαίσιο

Αρθρο
19.

Bailey, LL & Ball, BV μέλι των μελισσών παθολογία 2η έκδοση, (Academic Press, 1991).
+ Εμφάνιση πλαίσιο
20.

de Miranda, J. et al. Γονιδιώματος Χαρακτηρισμός, Επικράτηση και διανομή ενός ιού Ωχράς-όπως από Apis mellifera και Varroa destructor . Οι ιοί 7 , 3586 με 3602 (2015).
+ Εμφάνιση πλαίσιο

CAS
PubMed
Αρθρο
21.

Li, JL et al. Συστημική εξάπλωση και Διάδοση της Plant-παθογόνου ιού στην ευρωπαϊκή μέλισσες, Apis mellifera . mBio. 5 , e00898-13 (2014).
+ Εμφάνιση πλαίσιο
22.

Μαροδοχαίον, GJ et al. Επιμόλυνση του αποκλεισμού και η μακροπρόθεσμη επιβίωση των μελισσών στην Varroa μολυσμένο αποικίες. ISME J 10 , 1182-1191 (2016).
+ Εμφάνιση πλαίσιο

CAS
PubMed
Αρθρο
23.

Adams, MJ , Lefkowitz, EJ , ο βασιλιάς, AMQ & Carstens, EBσυμφώνησε πρόσφατα αλλαγές στον Διεθνή Κώδικα για Ιούς Ταξινόμηση και ονοματολογία . Αψίδα. Virol. 158 , 2633-2639 (2013).
+ Εμφάνιση πλαίσιο

CAS
PubMed
Αρθρο
24.

McMahon, DP et al. Ένα τσίμπημα στη σούβλα: εκτεταμένη διασταυρούμενη μόλυνση των πολλών ιών RNA σε όλη την άγρια και διαχειρίζεται τις μέλισσες . J. Anim. Ecol. 84 , 615-624 (2015).
+ Εμφάνιση πλαίσιο

PubMed
Αρθρο
25.

McMahon, DP et al. Αυξημένα μολυσματικότητα του μια αναδυόμενη ιικό γονότυπο ως κινητήρια δύναμη της απώλειας των μελισσών . Proc. R. Soc. Β 283 , 20160811 (2016).
+ Εμφάνιση πλαίσιο

PubMed
Αρθρο
26.

Carrillo-Tripp, J. et al. In vivo και in vitro δυναμική μόλυνση ιών μέλισσας . Sci. Δημ. 6 , 22265 (2016).
+ Εμφάνιση πλαίσιο

CAS
PubMed
Αρθρο
27.

Baker, KS et al. Μεταγονιδιωματική μελέτη των ιών της αφρικανικής νυχτερίδες φρούτων άχυρο χρώμα: ανίχνευση μιας chiropteran ιού της ευλογιάς και η απομόνωση ενός νέου αδενοϊό . Ιολογία 441 , 95-106 (2013).
+ Εμφάνιση πλαίσιο

CAS
PubMed
Αρθρο
28.

Iqbal, Ζ , Caccamo, Μ , Turner, Ι , Flicek, Π & Μακβίν, Γ συγκρότημα De novo και του γονότυπου των παραλλαγών χρησιμοποιώντας χρωματιστά de γραφήματα Bruijn . Nat. Genet. 44 , 226-232 (2012).
+ Εμφάνιση πλαίσιο

ΕΙΝΑΙ ΕΓΩ
CAS
PubMed
Αρθρο
29.

Koonin, EV , Dolja, VV & Morris, DTJ Εξέλιξη και Ταξινόμηση των θετικού κλώνου RNA ιοί: Επιπτώσεις της συγκριτικής ανάλυσης των ακολουθίες αμινοξέων . Crit. Rev. Biochem. Mol. Biol. 28 , 375-430 (1993).
+ Εμφάνιση πλαίσιο

ΕΙΝΑΙ ΕΓΩ
CAS
PubMed
Αρθρο

Λήψη αναφορών

Ευχαριστίες


Σας ευχαριστούμε Η ΚΤ Dennis βρετανική Μελισσοκόμων Research Trust για τη χρηματοδότηση αυτής της έρευνας. GJM χρηματοδοτείται από την Βρετανική Ένωση Μελισσοκόμων και το Πανεπιστήμιο του Reading. LB και SJM χρηματοδοτούνται από την CB Dennis, Apis. Μ και του ΟΟΣΑ. DCS χρηματοδοτείται από την Θαλάσσιων Βιολογικών Συλλόγου Senior Research Fellowship. IMJ χρηματοδοτείται από το Ηνωμένο Βασίλειο Βιοτεχνολογίας και Βιολογικών Επιστημών Συμβούλιο Έρευνας.

πληροφορίες Συγγραφέας

Συγγραφέας σημειώσεων

Gideon J Μαροδοχαίος
& Laura E Brettell

Αυτοί οι συγγραφείς συνέβαλαν εξίσου στην εργασία αυτή.
Συνεργασίες

Viral Οικολογία, Θαλάσσιων Βιολογικών Ένωση, Plymouth PL7 5BU, Ηνωμένο Βασίλειο
Gideon J Μαροδοχαίος
& Declan C Σρέντερ

Σχολή Βιολογικών Επιστημών, Πανεπιστήμιο του Reading, Ρέντινγκ 6AJ RG6, Ηνωμένο Βασίλειο
Gideon J Μαροδοχαίος
& Ian M Jones

Σχολή Περιβάλλοντος και Επιστημών Ζωής, Πανεπιστήμιο του Salford, Μάντσεστερ M5 4wt, Ηνωμένο Βασίλειο
Laura E Brettell
& Stephen J Martin

Το Κέντρο Γονιδιώματος Ανάλυσης, Νόργουιτς Research Park, Νόργουιτς NR4 7UH, Ηνωμένο Βασίλειο
Purnima Pachori

Τμήμα Φυτικής και Επιστημών Περιβαλλοντικής Προστασίας, το Πανεπιστήμιο της Χαβάης, Manoa, HI 96822, USA.
Ethel Μ Villalobos
Συνεισφορές

GJM, LEB και DCS συνέλαβε, διεξάγονται και έγραψε το χειρόγραφο. GJM, LEB και PP πραγματοποίησε την ανάλυση βιοπληροφορικής. SJM, EMV και IMJ συνέβαλαν στη συγγραφή του χειρογράφου. LEB και SJM συλλέγονται τα δείγματα. Όλοι οι συγγραφείς σχολιάζουν το χειρόγραφο.
ανταγωνιστικά συμφέροντα

Οι συγγραφείς δηλώνουν δεν ανταγωνιστικά οικονομικά συμφέροντα.
αντίστοιχες συγγραφέα

Αλληλογραφία με Declan C Σρέντερ .

Συμπληρωματικές πληροφορίες

αρχεία PDF
1.
Συμπληρωματικές πληροφορίες
Related Posts Plugin for WordPress, Blogger...